Петър Дънов е роден на 11 юли 1864 година (29 юни стар стил, Петровден) в Османската империя, село Хадърча, днес Николаевка, Област Варна, България. Петър Дънов е трето дете на свещеник Константин Дъновски и на Добра Георгиева. Негов дядо по майчина линия е чорбаджи Атанас Георгиев (1805-1865), български възрожденски деятел за църковна независимост. Баща му Константин Дъновски (1830-1918) е първият български свещеник във Варна.
През 1872 година Петър Дънов постъпва в основно българско училище в село Хадърча, а след освобождението от османска власт завършва петокласна мъжка гимназия във Варна. На 24 юни 1886 година завършва американско методистко училище в Свищов, в което изпада под влияние на протестантството. От есента на 1887 до лятото на 1888 година учителства в русенското село Хотанца.
През август 1888 г. заминава за САЩ и се записва студент в Методистката теологическа семинария Дрю в град Медисън, щата Ню Джърси, и я завършва през май 1892 г. През есента на 1892 г. се записва в Теологическия факултет на Бостънския университет, защитава дипломна работа „Миграцията на германските племена и тяхното християнизиране” и се дипломира през юни 1893 г. Една година посещава занятията в Медицинския факултет на Бостънския университет и през 1894 г. получава сертификат, даващ му право да практикува медицина.
През 1895 г. Петър Дънов се завръща в България, установява се във Варна и отказва предлаганата му длъжност на методистки проповедник. През 1896 г. издава книгата „Науката и възпитанието”, в която анализира пътя на човека в световната драма и говори за основите на нова култура, която предстои да настъпи през идващия век.
