Войната въри зле за Гърция и принц Андрю е обвинен отчасти за загубата на гръцка територия. Той е арестуван и обвинен в държавна измяна и заплашен.
Легендата разказва, че малкият принц е пренесен на сигурно място в щайга за портокали.
Изгоненото семейство прекара няколко години в Сейнт Клауд в Париж, където директорът му си спомня, че младият принц е още "парче месо". На седем години, Филип е изпратен в училище Cheam във Великобритания и остава в двореца Кенсингтън с баба си по майчина линия. През това време майка му е диагностицирана с шизофрения и е отведена в санаториум в Швейцария.
Бракът на родителите на Филип се разпада и баща му заминава да живее в южната част на Франция с любовницата си. По времето, когато младият херцог е на 10 години, семейството му - майка, баща и четири сестри е разпръснато из цяла Европа.
Принц Андрю (1882 - 1944) и принцеса Алиса (1885 - 1969) от Гърция, родителите на херцога на Единбург (Снимка: Архив Хълтън / Гети Имиджис)
Спомняйки си детството си, херцогът на Единбург каза: „Просто така се случи. - Семейството се разпадна. Майка ми беше болна, сестрите ми бяха омъжени, баща ми беше в южната част на Франция. „Просто трябваше да продължа. Човек го прави.
Филип завършил Кралския флот в Дартмут, но не му е позволено да се бие на фронтовата линия, защото все още е гръцки принц и те се притесняват от лоши отзиви в пресата.
След като Италия нахлува в Гърция, му е позволено да стане част от военните усилия на съюзниците. Той става натурализиран британски гражданин преди брака си с кралицата през 1947 г. и приема фамилията на баба си и дядо си по майчина линия-Mountbatten.