Липсват точни данни за произхода на българското кисело мляко . Предполага се че българското кисело мляко води началото си от млечнокиселата напитка „кумис”, която прабългарите приготвяли от кобилешко мляко. Друга теория свързва неговото възникване с траките. Траките забелязали, че прокисналото мляко се запазва по-продължително от прясното. Чрез прибавяне на прокиснало мляко в прясно сварено получили продукт известен като квасено мляко или „прокиш”. Прабългарите произвеждали и кисело мляко под името „катък”, като подквасвали прясно овче мляко с „размивка” от сирене. Нито една от тези теории не е доказана напълно.
За пръв път българското кисело мляко се споменава в литературата през VIII век под турското му име йогурт. Чингиз хан (1206-1227) използвал киселото мляко за храна в армията и като средство за консервиране на месото. В Западна Европа българското кисело мляко става известно благодарение на френския крал Франсоа I.
